南亞海嘯翌年，印度政府為了振興旅遊業，組織中國各大報社旅遊版記者10天印度遊，差事落在機動部那多身上，由於海嘯過後在馬哈巴利普蘭發現二千多年前廟宇遺跡，石上的刻字竟然預言了海嘯的發生，於是他選在該處遊覽；其間那多巧遇衛先的胞弟衛後，與他一同潛入水底遺跡，取走傳說中印度智慧之神的頭骨與臨終前製造的神物～水晶球；那多將拍攝了遺跡石上的一幅顯示神解開了世界的秘密的記事圖，帖上公開的網站EYES尋求意見。
回到上海，X機構梁應物向那多道出海嘯前測得爪哇海溝有非人力所為的高能粒子束射向宇宙深處，令那多懷疑海嘯是人為的，更聯想到記事圖是某一時間的太陽系星圖，逐拜託中國天文協會理事葉添錦調查，葉瞳則認為是顯示四則運算圖。
自稱張明的神秘男子在網站見到那幅記事圖，向那多詢問出處和交給他另外三幅記事圖後匆匆離去！
那多廣邀好友（梁應物、葉瞳、路云、亞洲非人聚會召集人D爵士、衛后、葉添錦、水笙、蘇迎、明慧大師）集思廣益，尋求破解神的祕密，張明的再度出現，讓真相終於浮現！
維摩星人無意中發現太陽系的星體以四式運算標示出來，自此致力破解背後的意義，太陽系被維摩人視為朝聖之地，冒險家K到了地球後失去音訊，去年維摩人收到K臨終前發出的高能粒子束信息，表示他已從天壇圜丘得靈感，破解了神的祕密，當他想行「神跡」時引起爆炸觸發海嘯！張明被派來調查，發現除了他們之外，其他星體的生物包括被稱為印度智慧之神的翡翠星人早已發現祕密，並到訪地球尋求答案。
神的密碼是傳遞出一個世界（宇宙）包含了無數個微觀世界（宇宙）的真相；某個世界的生物以四則運算不變的定律為密碼，企圖讓微觀世界的生物發現宇宙的真像。
