麥可進入巨蛇體內消失後，美國政府在羽蛇金字塔正下方地底挖掘出名叫巴藍號的金色太空船，太空總署成立「黃金艦隊計劃」研究其內部結構。
另一方面，麥可的亡母瑪麗亞透過通靈的妹妹艾芙琳向多明妮預言：麥可的雙胞胎兒子會在20歲那年駕駛巴藍號到西芭芭拯救被困在地獄受折磨的麥可；最後瑪麗亞叮囑他們要對抗與雙胞胎同一天出生的憎恨者的力量！
多明妮誕下約伯與伊曼紐，總統查尼任教父；母子三人受國安局嚴密保護，同時與雙胞胎兄弟同樣擁有胡那普基因的憎恨者莉莉絲出生在一個充滿淫穢的家庭。
莉莉絲瞞騙約伯她的出生日期，與他在心靈紐帶中漸漸成為靈魂伴侶。
被困在西芭芭的麥可在心靈紐帶裡告訴約伯他消失後的遭遇…麥可穿越時空進入未來，與海洋基因學家比爾的思維結合，他在地球人類被毀滅前（由黃石公園超級火山爆發和超級颶風造成）與其他570多名倖存者乘12艘太空船逃亡到火星，太空船途中意外跌入蟲洞到了獵戶座星雲，他們迫降在陌生的星球上，51歲的莉莉絲為它取名西芭芭；新環境改變他們體內的基因，讓他們成為超人類，莉莉絲的兒子德福林自我改造成有翼的生物，自稱是大天使以極權統治西芭芭受人膜拜；比爾與叛離者逃離到西芭芭的衛星，發現隱藏在某處的巴藍號；比爾與幾名叛離者為救在西芭芭被德福林母子折磨的同伴拿非林人，他們將德福林母子（惡魔）困在太空船中，將他們送入蟲洞，守護神（比爾與幾名叛離者）乘巴藍號緊隨其後，最後巴藍號降落在猶加敦半島，而惡魔的太空船則墜入墨西哥灣，為阻擋惡魔的武器，守護神在世界各地佈設電磁列陣，讓擁有胡那普基因的麥可在2012年冬至啟動！
約伯終於知道莉莉絲的身份，進而拒絕了她，莉莉絲為報復而殺了艾芙琳，約伯為了不受干擾，製造假死企圖瞞騙莉莉絲；約伯專注於黃金艦隊計劃的嚴苛訓練，以到西芭芭拯救父親為目標！
莉莉絲毒殺年長她6年的富商丈夫路西安，繼承了龐大的財產！
約伯與莉莉絲終於相遇，約伯受不住誘惑與她發生關係…
多明妮代替了伊曼紐與約伯啟動巴藍號穿越蟲洞到達西芭芭的衛星，叛離者告訴他們麥可被德福林困在虛幻空間中受著精神折磨；約伯與母親到西芭芭救麥可，他終發現西芭芭原來是未來的地球！
約伯不敵德福林母子，被釘在加拉巴樹的樹根下；多明妮為救兒子獨闖拿非林村，被德福林活捉威脅麥可。
麥可對約伯說，拿非林人因能在地球災難中存活而對死難者深存內疚，被莉莉絲母子有機可乘，創造地獄來迷惑拿非林人，折磨他們的靈魂。
約伯打敗德福林，犧牲自己救贖拿非林人的靈魂走出地獄的幻象。
麥可與多明妮回到衛星上，叛離者讓二人進入低溫艙，眾人在天狼星爆炸前乘太空船進入蟲洞，企圖返回過去的地球拯救人類，卻意外回到1億多年前的古宇宙！太空船遇意外爆炸，太空船內無一生還…時空循環終結。
