蘇醒的笛子老師臨終時交給他一枝刻著小枝的棕黃色竹笛,並囑咐他切勿吹奏它;蘇醒受不住引誘吹響它,結果笛聲變成噩夢糾纏不休,之後就再沒有吹起過並收藏起來…7年後他搬進池翠先父的房子,機緣巧合地與池翠母子成為朋友,並免費教導6歲的小彌吹笛子。
每當夜半有神秘笛聲響起,同一社區便有小孩被白衣女孩吸引而失蹤,導致人心惶惶;刑偵隊葉蕭與楊若子奉命偵查!
小彌於天台發現一具腐爛男屍,證實為池翠鄰居專欄作家卓越然,他的女兒紫紫亦下落不明;患有精神分裂的然妻羅蘭得知後逃出精神病院,尋找失蹤女兒,途中遇上神秘人,被帶到舊房子的地下小屋…
蘇醒向老記者風先生查得魔笛的傳說(50多年前,神秘笛手替居民解決鼠疫後卻被拒發獎金,他一怒之下讓笛聲令百多名孩子失蹤)並池翠所住的舊房子是傳說中鬼孩子所住的地方!
小彌在地下通道發現大量骸骨,警方證實是屬於50多年前失蹤的孩子們…
若子在羅蘭留下的日記裡發現當年她與醒有著柏拉圖式的戀愛,她受不住笛子的誘惑偷回家吹…丈夫回來發現手持笛子的她已瘋了!
小彌獨自到地下通道遇上神祕人,其後被他帶回家中…
葉蕭在地下通道發現其中一名失蹤孩子的家長被嚇破膽而死,其後當他知道若子到了地下通道即趕赴現場,另一方面翠與醒亦到來尋找失蹤的小彌…
醒與翠失散,途中發然被嚇死的羅蘭後聽到神秘笛聲,醒靈機一觸用小彌遺下的笛子吹出音樂成功克制魔音,挽救幾乎精神崩潰的若子和白衣女孩紫紫!
若子與醒遇上蕭,三人帶同紫由通道追捕吹笛的風先生,在他家中發現了早前失蹤的孩子!
另一 方面風 先生遇上翠,計劃引爆日軍留下的軍火,同歸於盡前說出真相:
風的真名是風橋楊夫,是日本科學家,在二次大戰時利用魔笛傳說掩人耳目,在中國研制了能發出超聲波的笛子來控制人的意志及人體寄生蟲,將眼蠅蛆細菌注入孩子眼睛,讓他們出現重瞳現象,不久孩童(瞳人)亦因蛆入侵大腦吞噬腦細胞致死;可惜魔笛被同事偷走,實驗被迫中斷,直到最近他才尋回它…翠在大爆炸前,神祕人犧牲自己讓她逃出!
肖泉再現…醒約見翠卻被發現嚇死家中…翠在家中發現藏有魔笛…
翠帶同小彌回到舊房子卓越然家中,讀著肖泉的遺書:
她從信中得知肖泉是唯一倖存的瞳人兒子,父親在他12歲病發弊命後才知真相!他與翠發生關係後不久即病發,全身開始腐爛、面目全非;他設計讓翠以為他早已死去,後隱居外國;他在知道命不久已後再度回國,居於亡父兒時曾住過的地下室,晝伏夜出,望能與翠見面;他在地下室見到小彌的重瞳後才知他是自己親子!信末端表示在地下室遇到自己的孿生兄長…
翠嚇然發覺這半個月來與她同床共枕的男人竟不是亡魂回歸的肖泉而是他的兄長卓越然!她推測,然從妻子身上得知魔笛的秘密後,為了名利竟然製造假死與風合作,並在大爆炸前帶同魔笛逃離;他冒充肖泉留在池翠身邊,當他得知醒約見翠恐秘密被揭,先下手為強用笛聲殺死他!
當翠想通知葉蕭自己的發現時,竟見越然手持魔笛出現於門外…
