自從自魔幻聯合國回來後，金慈宇從希望城搬回神秘谷，並與宋傑、司琴八月成為同學；眾人均覺金志宙行為異常，八月以為他之前染上的黑魔症仍未痊癒，逐將照妖鏡交給慈宇，要她找機會試看志宙是否著魔。
秋分之夜，宋傑、八月、志宙、慈宇分別在青霧林跟著螢火蟲穿越一道樹根牆，到達一處地方，他們跟著機械螢火蟲行至一個廢墟，八月被一大堆螢靈出奇不意地擄到空中流國見宇宙樹！慈宇同意宋傑的提議先去救八月，志宙反對離隊，獨自去找紅袍巫師的情感，途中遇到4個來自森達圍的新生族人（溫、淘、菲、科），他們認為志宙是他們的祖先，因他們的工作是守護資料庫，為了證實料庫的數據可信性，於是毅然一起旅行尋找答案，志宙決定跟他們回森達圍見首相，希望資料庫有助自己找到「沒有花的花園」，志宙被新生族人帶到他們的資料庫，它原來是成了廢墟的咆哮山莊的圖書資料室！
至於宋傑與慈宇遇到梧桐樹兵，螢靈助他們衝出重圍逃到沼澤邊，二人不支倒地，被名字叫柒木的樹人（新生族的世仇）救到樹穴中，宋傑獨自回去沼澤地，發現該處竟然是成了廢墟的天鵝堡，宋傑與慈宇在柒木的帶領下到祖母（宇宙樹）處找八月，途中終讓他們知道現正身處在未來因戰爭成了死城的神祕谷！
宋傑、慈宇和柒木一方與志宙、新生族人一方狹路相逢，雙方大打出手，八月得螢靈相助趕到，用白巫術將宋傑、慈宇、志宙帶到宇宙樹處，祖母向他們解開迷團：時間之箭被毀，時間守護者一方面要修補時間另一方面又要兼顧緝兇工作，時間女神被事件主謀擊敗，空間守護者與時間守護者內訌，魔法戰爭隨即爆發，加上時間神殿的長老無法修補時間之箭，時空陷入混亂，時間裂縫打開，時間蟲到處肆虐，世界瀕臨毀滅，負傷的時間女神倉猝地執行播種之禮挽救，卻只能保住神祕谷建立了一個稱為空中流國的新世界，時間女神把意識跟宇宙樹融合前，用最後力量生下12棵守護樹，又將空中流國移到安全的地方，若干年後原有的居民陸續死去，宇宙樹創造出樹人和新生族，又製造螢靈保護他們，原本兩族相安無事，直到新生族發現了資料庫，開始模仿歷史裡的生活方式，砍殺樹人用作建屋和燃料，而一部份樹人忽然發瘋成了樹兵，圍捕新生族人吸食！原來怨恨意識在女神播種之禮時，通過時空出入口偷偷進來，悄悄滋長散播起來，驅使樹兵攻擊守護樹，長此下去將危害到宇宙樹本身，間蟲會把這空間完全吞噬，包括時間之門；宇宙樹束手無策，因12守護樹不知何故減少唱歌，讓宇宙樹滋養不足，外端的枝葉因此而枯萎，宇宙樹被逼沉睡來保持生命力，她請求宋傑、八月、慈宇、志宙四人拯救守護樹，志宙讚同八月的提議：誰能拯救宇宙樹，誰便可以領導尋找巫師的情感行動！
這邊廂志宙直接領新生族屠殺樹兵，後來他終於知道八月有意使他拯救無法救活的宇宙樹，志宙一怒之下將它砍斷拂袖而去，這時時間蟲從斷裂的樹幹下的深淵飛出來！而另一邊廂宋傑、八月、慈宇則發現新生族魯日圍的餘廚山毒素污染了附近的水源，讓飲用的樹人染病發狂，宋傑靈機一動教導魯日圍將餘廚製成餅乾，又協助他們在湖泊出水口製造過濾設施。
宋傑、八月、慈宇回到宇宙樹處，見志宙率領新生族攻擊她，宋傑出手阻止，志宙不敵離去，志宙為求勝，聽取黑暗力量的指示，吸收新生族的螢靈來增加自己的力量，去驅使時間蟲攻擊宇宙樹。
宇宙樹向宋傑、八月、慈宇三人指出，慈宇的萬花筒項鍊藏著巫師的情感，她隨即打開時空出入口叫他們趕快回到原來的地方，這時志宙到來要奪回項鍊，混亂間八月跌進時間裂縫，宋傑緊隨，二人看見三個不同的未來➀志宙與八月、宋傑與慈宇成了兩對夫妻➁志宙因救宋傑而心臟病發逝世，宋傑、八月、慈宇各自心有所屬➂志宙失蹤，宋傑與八月成了夫妻…突然宇宙樹將宋傑、八月拉回來，他們與慈宇走入時空出入口，志宙及時尾隨進入！
四人回來後，志宙要慈宇交出萬花筒項鍊，她不肯，志宙拂袖而去，當下紅袍巫師出現取回情感，他讓志宙看他的情感，志宙醒悟紅袍巫師就是長大後的自己，他的未來竟是黑褸神祕人和黑暗力量！
宋傑與八月終於互相表白親吻定情；八月到迷離地帶見外婆格麗丹，她為八月用塔羅牌占卜出死亡的三角關係！
患有「小教授綜合症」的唐雅（唐 夫人女兒），成了神秘谷高校的插班生！
金富終於與妻子彭雪蓮復合！
宋禮到香格里拉嚐試找那位當年遇到的赤身在溶雪中的修行者，全因他說他找的人已回家，才令宋禮到神秘谷找高迪的！
太陽率八大行星殺手前往天鵝堡企圖奪回秘冊，與宋傑、丹尼絲太太打了起來，剛到的八月用白巫術對付，探長司琴五年一到，眾人逃走！
太陽到高瞻遠築強行綁走唐 夫人！
黑袍巫師找宋傑，他向宋傑展示他的容貌…
